わんコメ5.1.0-beta20で配信したところ、やはりOBSをゲーム画面の下にいれるとOBSに反映されました。（最小化や最前面だと反映されません）
でもOBSをゲーム画面の下にいれると一応表示されるのでとりあえずこれで使っていきたいと思います。（少し前は不安定でコメントが反映されたりされなかったりでした。）ただ全体的にOBSの反映が不安定な気がするのでまたそうなるかもしれません。
後、普段はこちらの拡張テンプレートを使わせて頂いています。
念のため、通常のわんコメも非表示で同じシーンに入れています。コメントが表示されない時は通常のわんコメを表示して確認していますが、わんコメ側もコメントは同じように反映されない時はされていません。