こんばんわん！
一番簡単な方法をお伝えしますね！
まずはじめにOBSに２つテンプレートを追加します（名前をわかりやすく変更しておくとよいです）
このときテンプレートは同じでも違うものでもどちらでも構いません
Twitchだけのコメントを表示するブラウザソースのカスタムCSSにニコ生コメントを非表示にするCSSを記述します
[data-service='niconama'] {
display: none;
}
同様にニコ生コメントのブラウザソースのカスタムCSSにTwitchコメントを非表示にするCSSを記述します
[data-service="twitch"] {
display: none;
}
以上です！