スタートバーには表示されるけど、わんコメのウインドウが表示されない、ということであってますでしょうか？
もしそうであれば、モニター環境の変化で画面外に追い出されてる可能性がありそうな気もするので、一度こちらを試してみるといいかもしれません！
メインウインドウが出ないと「フォルダを開く」もできなくなっちゃいますが、特に特殊なことをしていなければC:\Users\ユーザー名\AppData\Roaming\onecommeに存在するかと思われます。
もしわんコメのメインウインドウは表示されるものの正しく描写されないということであれば、スクリーンショットを添付していただくのがいいかと思われます