ご報告ありがとうございます。
現状1.0.3ですと、アバターの置き換えは以前のテンプレートカスタマイズで使っていた [data-user="匿名"] .avatar というものから [data-mail="184"] .avatar に置き換えてあるため、ニコ生側の機能としてなふだを使わない匿名状態（184状態）に反応するよう設計し直しました。
配布している1.0.3テンプレートのCSSですと、現在55行目から62行目にかけて、アバターの置き換え処理がなされています。
当方環境でコメントの取得と置き換え状況を確認したところ、配信者から見て「なふだがON」であるとリスナーの名前を取得してきますが、「なふだがOFF」だと184（匿名）状態となり、184.pngへの置き換えがなされているようでした。
[data-user="匿名"]を使わなくなったため、わんコメ設定内にあるニコ生の匿名表記の設定には依存していません。
差し支えないようであれば問題が発生している配信で生成されたコメントのログファイルのご提出、もしくは問題がよく確認できるライブ配信を教えていただければ、どのような状況で
が発生しているのか、確認できるかもしれません。
コメントログを出力するためには、別途設定が必要です。
p.s. ニコ生のギフト類（ニコニ広告など）の問題を別途見つけたため、バージョン1.0.4で修正してあります。
修正したため、置き換え処理は1.0.4だと52行目～59行目に変化しています。